台湾最高检察署指示各县市地检署研究首长特别费侦办标准，各地检署交由检察官表决，结果包括台北地检署在内的八个地检署认为特别费属公款，非实质补贴；但也有板桥地检署在内的八个地检署，认为马英九在特别费案中并未犯罪，见解分歧。

高检署请地检署问各地检察官，“你认为特别费是实质补助还是公款？”“你认为马英九在特别费案中有无犯罪？”包括台北、台东、苗栗、彰化、南投、云林、高雄、澎湖地检署，均认为特别费是公款，亦即特别费非首长私房钱，使用时须检附单据报销。

不过，在认为特别费是公款的地检署中，也有台东、苗栗、彰化、云林、澎湖等地检署，认为马英九在特别费案中未犯罪。会出现如此大的认知歧异，原因在于特别费虽是公款，但首长若无主观上的犯意，应不构成犯罪。

有检察官私下认为，过去对于首长特别费汇入薪资帐户的部分并没有明确规定，习惯上都认为是收入的一部分，且被告是否有主观犯意也值得推敲；再者，罪刑法定主义，法律若无明文规定者不罚，故认定应更趋严格。

在这项调查中，至少有士林、宜兰、桃园、新竹、台中、嘉义、屏东、金门等地检署，认为此案已在法院审理，表达意见已不具效力及约束力；而且检察官也认为此时要求检察官回答特定问题，有“引蛇出洞”之嫌，为避免被贴标签，因此拒绝作答。

有检察官认为，法律是为维持社会秩序，要考虑行为本身是否造成社会损害，马英九特别费案已浪费大量人力，三万多名首长的特支费问题再办下去，到底对社会秩序有何帮助？法律的存在，不能与社会整体利益背道而驰。

报道又说，台湾最高检察署指示各地检署就首长特别费进行研究的结果，有检察官支持是实质补贴、有人认为是公款，还有地检署认为此时不宜讨论，意见并呈的结果，将来检方不排除等待马英九案判决后，再决定要不要对目前侦办中的特别费案进行追诉。

依据目前各地检署调查的结果，就像特别费案引发的争议一样，已知有四个地检署相对多数检察官支持实质补贴说，但也有八个地检署认为特别费是公款；“依个案认定”的标准答案也存在。不过，在认定特别费是公款的地检署中，不少认为马英九在特别费案中并未犯罪。

报道说，这样的结果，其实早在检察高层预料之中。外界原本要求，检方如果决定采“实质补贴”说，应该撤回对马英九案的起诉，或是法院可依此结论立即判马英九无罪；如果要采“公款”说，应以同样标准立即侦办四大天王特别费案。

姑且不论检察长会议结论对法院没有拘束力，依目前的局势，台湾最高检察署八日召开的检察长会议，要想达成特别费是“实质补贴”的具体结论、检方根本不应启动侦查的可能性不大。

另外，台湾最高检察署早就言明，此次讨论侦办标准，是针对目前受理告发、侦办中的案件，是否适用马案，检方高层一直避而不谈。即使多数人认为应是“实质补贴”，检方有人敢指示撤回马案吗？