对于案子的审判会如何发展的问题，阮次山先生说：“台湾的法律是大陆法系，没有陪审团。不是一个法官认定，要三个法定认定，是合议庭。马英九的案子今天主要是各自陈述。这个案子暂时不会审判，会一直延续下去。”

马英九在申诉中说，是制度杀人，自己是清白的。对此，阮次山先生评论说：“这就是马英九在政治智慧上有欠缺了。他讲制度杀人，就是说台湾的特别费制度沿袭到现在，大家都是默认的。的确是这么回事，可是你既然知道制度杀人，为什么没有朝着改革制度的方向走呢？另外，今天在庭上他说法官侯宽仁诱导他。这个就让台湾人很难堪。你马英九不是学法的吗？检查官和律师一样，当然会诱导。当初马英九很有自信的，检查官第一次传讯他的时候，他都没有带律师去。可能他心想自己是学法的吧。其实他所谓的“法”学的也不到位。任何人和法官啊检查官打交道，都有诱导性。我都学过这种课程啊。所以马英九说法官诱导他，这不笑死人吗？不过还好，今天他带了律师去了。”

阮次山先生还认为，马英九学的“法”，是“法学”，不是“法律”，根本不懂法律的过程，也没有受过法律的训练。对方怎么问，你怎么还击，他没有受过这种训练。

对于普遍关注的这次特别费案对2008大选的影响，阮次山先生认为需要从二个方面来分析。

“第一点、马英九说，一审有罪也要继续参选到底。他说是制度不公平，对台湾的法律虽然尊重，但是已经失去信心。

“一审之后是二审。二审和一审不一样，是法理审，不是法律审。不是在庭上你一句我一句那样的，高等法院的法官会审查一审的过程和审判的裁决在法理上面有没有失当的地方，如果有问题，可以找来一审的法官或者检查官，听取申述，然后作出裁决，裁决一审是对还是不对。如果对，维持原判；如果不对，发回地方法院更审。如果维持原判，就可以告到最高法院，最高法院也是法理审。至于这个过程有多长，会不会持续到明年3月18号，都不好说。如果真的到了那时候还没有结果，就涉及一个问题：待罪之身能不能竞选？台湾的选举办法对这个问题规定的很模糊。按照之前几次的做法，是可以选的。可是老百姓不一样。万一选出来一个，结果法院判定他有罪，那不是白选了吗？不是白白浪费公共的资源吗？这样的话，对马英九的支持肯定会有点犹豫。

”第二点，就是国民党的问题。国民党持什么立场呢？公开的说法，马英九怎么样国民党都会支持到底，表示国民党的团结。可是现在看来，情况并非如此，国民党并不团结。王金平昨天说不参加党内初选，这个倒是很圆滑、很有弹性的做法。他如果去了，就表明了要和马英九作对，那就会分裂国民党了。他不去，静观其变，显示出来比马英九更有政治智慧。”